过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。 然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。 愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。
在Zi行星有一群被称为机兽的金属生物体，有些拥有惊人战斗力，但它们必需得到由特别发电机产生的红色凝胶才可运作。该行星在古代曾经存在超高科技文明，却发生了一场被称为“众神之怒”的大灾难，当时有一部份人类...
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副会长四宫辉夜与学生会长白银御行在秀知院学园的学生会相遇，两名天才在历经了漫长的恋爱头脑战后，终于向对方表达了自己的心意，在“奉心祭”首度接吻。然而两人还是没有做出明确的告白，原以为就要成为恋人了，但却依然维持着暧昧关系，反而变得更加在意彼此，两人就这么迎向了圣诞节。“渴望变得完美”的白银，与追求他的“不完美”的辉夜，这是天才们极其“普通”的恋爱故事
本作围绕着高中生的日常生活，讲述了在“炼金术”盛行的时代中，青年人们为了守护正义...
